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第一工作组
旧石器文化与人类扩散
了解早期古人类群体的跨大陆迁徙与传播，及其在不同气候环境下的生存状况。
第二工作组
早期农牧业跨大陆交流
进一步了解史前跨欧亚大陆交流的历史、农业起源、早期农牧业的扩散，及其对新石器-青铜时代欧亚大陆人类社会、以及人与环境关系的影响。
第三工作组
丝路通道与城镇变迁
在研究历史文献和实地考察的基础上，充分利用地理学相关技术手段和人类学、考古学资料，对丝绸之路沿线的古代驿站、城镇、交通系统等进行考古鉴定、地理描述和历史文献分析。
第四工作组
丝路科学技术交流
探索科技知识在欧亚大陆的产生过程，并提供丝绸之路沿线古文明之间科技知识传播的全貌。
第五工作组
丝路人群遗传历史
利用分子生物学(如古基因组学和泛基因组学)和体质人类学方法研究丝绸之路沿线人群的遗传结构、混合、起源和迁徙
第六工作组
丝路文明与环境
了解过去和现在丝绸之路沿线不同时期气候环境时空格局变化及其对跨大陆交流和丝绸之路文明发展进程的影响，通过评估不同空间和时间尺度上的脆弱性与风险，增强社会韧性。
